Ошибка сщязана с контекстном в котором тестируете. Только по stackoverflow сказать сложно.
Рекомендую дополнить версией Windows, версией JDK, pom в gist, версией Eclipse.... Может тогда будет понятнее.
Вряд-ли решение в этом, но стоит взглянуть на файл
C:\Users\User1\eclipse-workspaceJD\UCSDUnfoldingMaps\build\gluegen-rt.dll. Доступность, наличие.... Все что можно.
На ранних пререлизах 14 JDK билд нативных приложений под Windows требовал вмешательства. Приходилось скачивать либы виндовые с инета и подкладывать. Но вредли это имеет место.
Попробуйте собрать без среды (mvn/gradle, javac/p). Может дело в правах Eclipse.