Dima Minka

В общем случае все зависит от того как написать, можно и на ноде понаписать таких тормозов, что хорошо оптимизированный php, особенно 7, будет просто летать на фоне этого.
Ну и в большинстве серверных приложений основная нагрузка приходится на БД, а значит и скорость в большей части будет зависеть от нее.
Но за счет асинхронной работы нода однозначно выиграет у php по потребляемым ресурсам, что в конечном итоге так же может сказаться на производительности.

Посмотрите на структуру Bedrock для профессиональной разработки: Bedrock .
Ядро лежит отдельно и в гит само собой не попадает, плагины подтягиваются не через админку, а через Composer, и не требуют сохранения в гит. Что еще стоит включать в гит, зависит от проекта. Возможно папку аплоада, за исключением откровенно мусорных кешей и прочего. Базу можно дампами выкладывать в корень проекта, через тот же wp db export. Миграции до Wordpress еще не доползли, я пока не знаю как решать этот вопрос.