Выбирай ту, которой пользуется ближайший знакомый Гуру.
Из особенностей столкнулся только с тем, что под убунту больше ppa пакетов, тоесть версии софта посвежее. О выборе между Дебиан/Убнту или РедХат - лично мне пакетный менеджер APT нравится больше чем RPM, но это ИМХО.
А вообще, нужно уметь работать с любым дистрибутивом, а для изучения на локальный комп поставить Gentoo а на сервер - Arch, в продакшене редко встречал, но зато скилы прокачиваются быстрее всего.