Alex

Вопрос очень хороший. И код в целом неплохой. А ошибки совершенно стандартные, их делают все.

Начнем с того, что это никакая не модель.
Модель - это вся бизнес-логика приложения.
А это примитивный класс для манипуляции одной таблицей в базе данных. Подходит под паттерн TableGateway

Причем никакие преимущества ООП в нем не используются.
Этот класс - тупо набор функций. Причем для следующей таблицы придется писать точно такой же.

Соответственно, сначала надо сделать код универсальным, и вынести в абстрактный класс.
Заодно исправив в нём одну критическую ошибку (с безопасностью) и одну логическую.
Что будет, если значения двух последних элементов массива совпадут? Тогда уж надо ключи сравнивать, а не значения.
И зачем вообще такие ухищрения с поиском последнего элемента, если у тебя есть переменная $fields? Если она пустая - значит это первый оборот цикла. Всё, этого достаточно

По поводу безопасности я уже устал объяснять.
Мы старательно защищаем значения, передаваемые в запрос, но при этом не моргнув глазом пропускаем инъекцию через имена полей.
Список полей всегда надо писать явно. Тем более что это потом пригодится в миллионе случаев.

abstract class AbstractTableGateway
{
    protected $db;
    protected $table;
    protected $fields;
    protected $primary = 'id';

    public function __construct(DB $db)
    {
        $this->db = $db;
    }
    public function update(array $params): void
    {
        $this->validate($params);

        $set = "";
        foreach($params as $key => $value)
        {
            if ($key !== $this->primary)
                $set .= ($set ? "," : "") . "`$key` = :$key";
            }
        }
        $sql = "UPDATE `$this->table` SET $set WHERE `$this->primary`=:$this->primary";
        $this->db->query($sql, $params);
    }
    protected function validate($data)
    {
        $diff = array_diff(array_keys($data), $this->fields);
        if ($diff) {
            throw new \InvalidArgumentException("Unknown field(s): ". implode(",",$diff));
        }
    }
}

Но вообще я не рекомендую использовать именованные плейсхолдеры для автоматических запросов. В имени поля могут встречаться символы (например пробелы), которые не годятся для имен плейсхолдеров

После этого уже можно создавать класс юзер (и не повторять, как попугай, user user по 10 раз)

class UserGateway extends AbstractTableGateway {
    protected $table = 'users';
    protected $fields = ['email', 'password', 'name', 'birthday'];
    protected $primary = 'user_id';
}

И спокойно к нему обращаться в коде

$user = new UserGateway();
$user->update($params);

class User{
   constructor(){
        this.autoRun();
   }
   autoRun(){
          // запустится при создании класса 
   }
}

Может быть кому пригодится !
В консоли mysql выполнять эти шаги не удобно, поскольку результаты Вы получите строки с "пайпами" (символ "|" ) в начале и конце строки. Для баз данных с 100+ таблиц это очень не удобно.

Выполните следующий запрос в PhpMyAdmin:

SET @DATABASE_NAME = 'имя_бд';


SELECT  CONCAT('ALTER TABLE ', table_name, ' ENGINE=InnoDB;') AS sql_statements
FROM    information_schema.tables AS tb
WHERE   table_schema = @DATABASE_NAME
AND     `ENGINE` = 'MyISAM'
AND     `TABLE_TYPE` = 'BASE TABLE'
ORDER BY table_name DESC;

Результат копируем и вставляем в новый запрос, желательно между тэгами:

begin transaction;
результат вставить сюда
commit transaction;

Единственно, я поменял begin transaction на BEGIN и соответственно COMMIT

Никак, это невозможно.

Вам нужна песочница, или виртуальная машина.

$options = array(
  'safe_mode'=>true,
  'open_basedir'=>'/var/www/users/jdoe/',
  'allow_url_fopen'=>'false',
  'disable_functions'=>'exec,shell_exec,passthru,system',
  'disable_classes'=>'myAppClass');
$sandbox = new Runkit_Sandbox($options);

$sandbox->ini_set('html_errors',true);

// ...

$sandbox->eval('var_dump(isset($foo));');

https://php.net/manual/ru/runkit.sandbox.php

Можно

select adate, 
       sum(case when val > 0 then val else 0 end) psum,
       sum(case when val < 0 then val else 0 end) msum,
 from mytable group by adate

Как насчёт sharp? И собственно API.