Может быть кому пригодится !
В консоли mysql выполнять эти шаги не удобно, поскольку результаты Вы получите строки с "пайпами" (символ "|" ) в начале и конце строки. Для баз данных с 100+ таблиц это очень не удобно.

Выполните следующий запрос в PhpMyAdmin:

SET @DATABASE_NAME = 'имя_бд';


SELECT  CONCAT('ALTER TABLE ', table_name, ' ENGINE=InnoDB;') AS sql_statements
FROM    information_schema.tables AS tb
WHERE   table_schema = @DATABASE_NAME
AND     `ENGINE` = 'MyISAM'
AND     `TABLE_TYPE` = 'BASE TABLE'
ORDER BY table_name DESC;

Результат копируем и вставляем в новый запрос, желательно между тэгами:

begin transaction;
результат вставить сюда
commit transaction;

Единственно, я поменял begin transaction на BEGIN и соответственно COMMIT