Вчера буквально обновлял с 2.5.28 до 2.9.22. Пакеты (Full) можно устанавливать как расширения. Джумла понимает это и обновляется. Сначала 3.2, потом 3.6.5, затем уже штатным способом она должна увидеть 3.9.22. Если не помогает, после 3.6.5 можно промежуточную 3.8. найти и поставить.