Николай: возможно оттуда, откуда вы проверяете закрыт исходящие соединения на 3000 порт, или там где стоит Ваш сервер закрыты входящие. в iptables у вас все норм
Илья Храмцов: system('wget '+elem.replace('\\', '')) - перепишите всё на python и качайте в несколько "потоков" + возможно у вас где-то зацикливается код.