nikstorme: Если вы грузитесь с UEFI и диск у вас размечен MBR, то он и предложит стереть весь диск.
Проще всего Вам сейчас всё снести и разметить сразу как надо. Установите Win, затем Ubuntu.
Алексей Кос: и при запуске через CRON текущая директория в вашем случае будет /, если там есть какой-нибудь include или работа с файлами он не найдет их. (если явно не добавлены пути в include_path или полные пути)