Вариант 1. Zend Guard, ionCube, NuCoder и прочие кодировщики.
Сложность запуска, "кот в мешке".
Вариант 2.
SaaS.
Вариант 3. Не делать защиты вообще.
Покажите свои разработки (можно не исходник, а хотя бы сайт). Это
Антивирус Попова или BolgenOS? Или это
Неуловимый Джо?