Добрый вечер.
Если взять за пример
capcha.ru, то в этой капче есть параметр $credits, который выводит внизу картинки строку, по умолчанию
'www.captcha.ru'
В файле kcaptcha.php есть такая строка
imagestring($img2, 2, $width/2-imagefontwidth(2)*strlen($credits)/2, $height-2, $credits, $background);
При помощи этой строки выводится надпись на капче.
Вот по этому примеру, я думаю, можно сделать наложение Вашего логотипа на капчу.
p.s.
Вот фрагмент файла kcaptcha.php
$img2=imagecreatetruecolor($width, $height+($show_credits?12:0));
$foreground=imagecolorallocate($img2, $foreground_color[0], $foreground_color[1], $foreground_color[2]);
$background=imagecolorallocate($img2, $background_color[0], $background_color[1], $background_color[2]);
imagefilledrectangle($img2, 0, 0, $width-1, $height-1, $background);
imagefilledrectangle($img2, 0, $height, $width-1, $height+12, $foreground);
$credits=empty($credits)?$_SERVER['HTTP_HOST']:$credits;
imagestring($img2, 2, $width/2-imagefontwidth(2)*strlen($credits)/2, $height-2, $credits, $background);