ORDER BY `domain_created` DESC, `updated_at` DESC
, в таком виде сортировка производиться не будет, выборка пойдёт сразу в нужном порядке. Если нельзя - поиграйте с max_heap_table_size и tmp_table_size , есть подозрение, что сортировка происходит с использованием временной таблицы на диске.