Я не девопс, но вы попробуйте сделать билд без редактирования php.ini, зайти внутрь контейнера и убедиться, что конфиг действительно находится именно по этому пути.

В файле config/services.yaml видно, что контроллеры из папки src/Controllers подключаются отдельно, что позволяет им получить все аргументы автоматически.

В вашем случае вы создаете сервис, но наследуете класс контроллера (но нельзя так просто взять...) Если вы хотите в своем сервисе просто получить доступ к entityManager, нужно убрать AbstractController, и прописать:

public function __construct(EntityManagerInterface $entityManager)
    {
        $this->entityManager = $entityManager;
    }

Вообще, адрес главной страницы хранится в переменной - variable_get('site_frontpage', ''). Через адрес выяснить id ноды не трудно.
Я не знаю, как работает Domain Access, но вероятно каким-то образом либо перезаписывает эту переменную, либо имеет свои. Если у вас установлен модуль Devel, просмотрите список переменных через /devel/variable.