Ольга Свистунова

В файле config/services.yaml видно, что контроллеры из папки src/Controllers подключаются отдельно, что позволяет им получить все аргументы автоматически.

В вашем случае вы создаете сервис, но наследуете класс контроллера (но нельзя так просто взять...) Если вы хотите в своем сервисе просто получить доступ к entityManager, нужно убрать AbstractController, и прописать:

public function __construct(EntityManagerInterface $entityManager)
    {
        $this->entityManager = $entityManager;
    }

Не совсем ясно, "много" - это сколько? Много каких запросов? Insert, update, select c кучей join?

Могу предположить, что раз уж упоминается парсинг excel-файлов, то имеются в виду insert-запросы, но ведь doctrine в симфони умеет делать "много раз persist, один раз flush" для оптимизации вставки данных в базу одним запросом.

Если же при построении каких-то данных-графиков нужно много данных, то тут есть варианты с кэшированием, с обработкой данных параллельно в фоновых процессах (Enqueue Bundle, например). Собственно, и при долгом импорте тоже ему можно найти применение.