BasicSloth

Прочитайте какую-нибудь книгу, которая считается авторитетной в той области программирования, которую вы для себя избрали. Я вот, например, когда начинал писать на C#, бездумно копировал с SO примеры с использованием List<T>. Но при этом даже близко не понимал что это, еще и ругался про себя "опять эти непонятные уголочки, интересно, что они значат". А потом прочитал Албахари, ах вот что это, обобщенный класс, а их, оказывается, еще и свои можно писать. Как сколько нам открытий чудных...

Сходите на собеседование, на собесе как раз часто всплывают вопросы, на которых копипастер, который пишет вроде бы работающий код, но без понимания, валится, а знающий человек - нет. Как более мягкий вариант - погуглите вопросы для собесов по вашей сфере, и, разумеется, ответы на них поищите.

Да все мы самоучки и пропустили "небесный инструктаж", как это называет Ричард Бах.
Ощущение неполного понимания обозначает границу между тем, что вы действительно освоили, и тем, что еще нет. По мере накопления опыта граница будет расширяться, но не исчезнет никогда. Комфортно и уверенно вы будете себя чувствовать только в задаче, которую решаете не в первый раз.
Добро пожаловать в профессию ;)

Просто начните писать большой учебный проект, а ту теорию, которую вы учите попытайтесь синтетически включить в свой проект. Это самое лучшее решение по моему опыту.