Sergey В.

На Win 7 случайно не включен масштаб 125%, который увеличивает размеры шрифта?

Поведение очень похоже на майнер криптовалюты.
Посмотрите в планировщике задач - возможно что-то запускается при простое.
Может быть какая то системная библиотека подменена на модифицированную.

Скриншот сделанный на телефон ничем не отследите.

Вы бы уж тогда полностью работали под RDP, включая и мессенджер.
По сабжу - есть программы, которые настраивают окна "поверх всех", но навскидку не скажу. Сделать такую программу - несложно.

Раз проблему можно воспроизвести - отключайте по одному процессу в диспетчере задач и проверяйте.

Насколько я понял (описание не очень внятное), на ПК есть 20 пользователей и всем им нужно сделать выход через VPN?
Если так, то:
1. Разворачиваете VPN сервер. Например - OpenVPN
2. Генерирует 20 сертификатов под каждого пользователя (хотя если они не будут работать одновременно, то можно и один)
3. Ставите на ПК клиент OpenVPN и в настройках указываете путь к сертификату под каждым пользователем.
Всё.

Сделайте окно видимым, заскриншотьте и скройте. За доли секунды пользователь ничего не заметит.

В настройках торрент клиента как правило указывается папка, куда сохраняется временный файл на время закачки (у Вас видимо на диске С) и папка, куда переносится файл после завершения закачки (у Вас на диске D).

Это противоречит идее данного облачного хранилища.
Как Вы уже заметили. есть папка "синхронизации". То есть все изменения в этой папке отразятся на облаке.
Поэтому этот вариант - тупиковый.
Попробуйте удалить на ПК клиента и папку и загружать файлы в облако через Web интерфейс (если это допускается)

Как вариант - использовать в домашней сети роутер с прошивкой open wrt, которая позволяет поднять на роутере клиента VPN. Если на удаленном ПК тоже запустить VPN, то Ваш ПК будет видеть все что подключено к роутеру.

Установлена Windows 32 или 64 бит?

В базе данных нежелательно хранить сами файлы. Оптимально - файлы хранить на диске, а в БД записывать ссылку на файл.

Скорее всего причина в блокировке открытия портов в windows.

Вроде вопрос не такой уж и сложный, гуглится на ура: https://www.cyberforum.ru/windows-forms/thread1257...

С событием "старт запуска" - вопросов практически нет. Допустим, что старт запуска - это клик пользователя по иконке программы.
А вот что Вы подразумеваете под событием "завершение запуска" - это большой вопрос.
Прорисовка интерфейса? - так интерфейс может прорисовываться частями длительное время. Программа может быть вообще без интерфейса.
Подгрузка используемых dll - так это тоже не показатель.
Внесите ясность, возможно на Ваш вопрос сможет кто-нибудь ответить.

Через WinAPI:
1. Найти нужное окно (а точнее его handle);
2. Сделать окно активным;
3. Передать ему фокус.

Не факт, что дело в драйверах. Неисправное железо при обновлении драйвера (который расширяет функции), может тоже так себя вести.

Возможно Вам подойдёт это: https://krasgmu.net/publ/perezagruzka_windows_cher...
Перезагрузка Windows через командную строку

Возможно для Вас будет решением - запись результата в формате csv. Файлы этого формата по умолчанию открываются через Excel.