Алексей Ашурок

Можно хранить имя файла (good.jpg) и тип картинки (goods), например картинка товара, на основе этой информации строить путь, так, как вам угодно, например:
/media/origin/goods/g/go/good.jpg
/media/origin/goods/t/to/tovar.jpg

Если нужно сохранить картинку с таким же именем, то в конец дописываем индекс, например:
/media/origin/goods/g/go/good.jpg
/media/origin/goods/g/go/good__1.jpg
/media/origin/goods/g/go/good__2.jpg

Подпапки после типа картинки /g/go/ нужны, чтобы в одну директорию не сваливалось слишком много файлов.

Если в качестве имени файла используются цифры (напрмер - это индексы записей в базе), то подпапки лучше формировать с конца имени файла, например:
125.jpg -> /5/2/125.jpg
126.jpg -> /6/2/126.jpg
это позволит более равномерно распределять файлы по папкам.

Такой вариант позволит в будущем изменить место хранения картинок, поменять логику формирования пути к картинке, и т.д.

Закешированые картинки соответственно будут храниться, например, по такому пути /media/cached/goods/<название пресета (200x120r)>/go/g/good.jpg

Пресет можно формировать, например, на основе ширины, высоты, способа масштабирования, и названия фильтра

Вешаем apache на 8080 к примеру.
А nginx настраиваем примерно следующим образом

server {
    listen 80;
    server_name domain.com;

    location / {
        proxy_pass http://domain.com:8080;
        proxy_set_header Host $host;
        proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
        proxy_set_header X-Forwarded-For $remote_addr;
        proxy_connect_timeout 120;
        proxy_send_timeout 120;
        proxy_read_timeout 180;
    }

    location ~* \.(jpg|jpeg|gif|png|svg|js|css|swf)$ {
        root /var/www/html/domain.com;
    }
}

Если вы их используете, то нужно добавить.
Так же можно убрать, те, которые не нужны параметром --without
а вообще, ./configure --help