Если открыть нормально, записать где то код и открыть страницу, то работает.
Как такое может быть, что у вас не работает прокрутка и там, и там по y, а у меня только в 1 браузере?
1) При прокрутке будет сверхху всегда border вылезать чуть чуть (не красиво).
2)Скроллбар выстроен по всей выосте таблицы, в моем случае я не отображаю боковой скролл, но если потребуется или просто "захочу", то мне нужен полный контроль над ним.
nav и списка со ссылками внутри. Кнопки - действие, ссылки - переход. У вас переходы, а значит ссылки, а не кнопки. <a>
А ещё лучше песочница на jsfiddle.net или аналоге с указанием что именно не работает. И скрин как должно быть или нормальное объяснение.
Сейчас похоже, что вы задали флекс блокам, внутри которых только текст.
Проблема с padding тоже не совсем ясна. В коде вижу его только у одного элемента. По вашему описанию, он у него и срабатывает. Что не так?