Сталкивался с похожей ситуацией на фрилансе в одной компании. Вначале воспринял в штыки и крайне саботировал установку ПО. Вопрос с остановкой мониторинга проработал досконально, там есть такая функция, должна быть версия, которая запускается и останавливается по вашему желанию. В начале это немного напрягало, а потом как привыкаешь и все идет на автомате. Да я и парится не стал из штанов выпрыгивать, работал, как работал вроде претензий не было. Так как не указан функционал тайм трекера рекомендую ознакомиться с возможность представленных приложений в данной статье:
https://bitcop.ru/blog/top-24-tajm-trekerov-dlja-k...