Akina

Регистрозависимость имён таблиц в MySQL определяется значением системной переменной lower_case_table_names. См. Identifier Case Sensitivity.

Что же касается отображения имён в phpmyadmin - то это вопросы к нему, а не к MySQL. Можно попробовать выяснить экспериментально, как он реагирует на изменение значения указанной переменной, а также на явное квотирование имён бэктиками.

Факт 1

Сообщение об ошибке явно сгенерировано приложением, которое отлично знает, какой должна быть структура первичного индекса данной таблицы.

Факт 2

Я перенёс портал из облака в коробку

Итого

Факты свидетельствуют о том, что перенос был выполнен некорректно. Для исправления - удалите поле id, а затем создайте первичный индекс с указанными тремя полями.

Для проверки - предварительно подключитесь к старой версии таблицы и проверьте, действительно ли в ней отсутствует автоинкрементное поле по фамилии id. А в качестве совсем бреда - сравните, какая СУБД (включая точную версию) на старом и на новом месте.

Очень теоретически можно организовать бэкап БД "одним запросом". И это будет запрос
CALL stored_procedure(@datatbase_name);
А вот в хранимой процедуре будет дофига запросов. Нужно будет из INFORMATION_SCHEMA получить список всех имеющихся в БД объектов и организовать копирование информации во внешний файл (причём для каждой таблицы придётся делать два файла - один со структурой, второй с данными). А ещё надо не забыть про процедуры, функции, триггеры... в общем, задачка весьма нетривиальная. Лучше даже не начинать.

WITH cte AS ( SELECT *, ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY id ORDER BY RAND()) rn
              FROM ...
              WHERE ID IN (1, 2, ..100) )
SELECT *
FROM cte
WHERE rn <= 5

У SUBSTRING_INDEX накладные расходы великоваты. Я бы использовал

SELECT *
FROM table_name
ORDER BY 0 + SUBSTRING(column_name FROM 2)

А для совсем ускорения, если такая сортировка используется часто, можно создать индекс по соотв. выражению, а то и generated column с соответствующим индексом.

SELECT html, REGEXP_REPLACE(html, '<nav>[^<]*</nav>', '')
FROM test;

fiddle
Ну и соответственно

UPDATE test
SET html = REGEXP_REPLACE(html, '<nav>[^<]*</nav>', '');