Система-то гибкая и позволяет плясать, не заморачиваясь с ограничениями.
Скажем, если у вас много таких машинок и вы редко лезете в настройки каждой, то проще не бэкапить системы, а завести preseed для типовой установки и/или ansible для типовой настройки. Установка с нуля будет не сильно дольше восстановления из бэкапа, зато все пакеты будут свежие + вам не нужно беспокоиться о месте для тех бэкапов.
У меня десяток реликтовых системников работают киосками в цеху, у них регулярно что-нибудь сыплется - то винт, то сетевуха, то вовсе мать. Достаточно собрать из старья любой запускающийся компьютер, одной командой стартануть установку на него системы с киоском и через полчаса отдать в цех.
Ну, а бэкап пользовательских данных - что захочешь, то и слепишь из cron + rsync, что тут обсуждать? Если есть несколько файлопомоек на Линуксе, на них удобно сделать кросс-бэкап, открывая бэкап-папки в сеть только для чтения. Чтобы, когда мышка неудачно махнула - юзер мог сам сходить и найти предыдущую версию того, что испортил.