Express + Handlebars?

А, и тут так. Папка templates/views/ - это папка по умолчанию для шаблонов и "точка отсчёта" одновременно. И если там лежит файлик home.pug, то рендерится res.render('home');
Но файлик можно положить куда угодно - нопремер, templates/views/home_place/home.pug - и в методе рендеринга просто вести отсчёт от указанной (явно) папки-по-умолчанию, то есть так: res.render('home_place/home'); Т.е. система такая же, как и с раздачей статики - где есть папка-точка-отсчёта public
Ну и т.д.
С Ханделбарсом можно делать так же, папка views - это точка отсчёта.

Express + Handlebars?

А, ну да, это ж Ханделбарс. Строчка в нём

let handlebars = require('express-handlebars').create({ defaultLayout:'main' });

указывает слой по умолчанию, а структура папок должна быть именно такая: views, внутри неё layouts и partials
Потому не предполагается, что можно сделать структуру - как нравится.
Короче, Express придумал Ти-Джей Воловайчук (или он Коровайчук - я не помню), и для него он придумал Jade, который потом переименовался в Pug. Когда лично я проходил эту книжку (это, действительно, очень хорошая книжка, а на некоторые устарелости в ней - начхать), то сразу решил, что буду юзать Jade (который теперь Pug). Так я и вам, с позволения, посоветую поступить так же. Начните проектик сначала, и сразу начните осваивать Pug заместо Ханделбарса. Аффтар учебника человек уж не молодой и поленился перейти на Jade, а тебе-то чего лениться?
Настройка - две строчки (при этом, с явным указанием пути):

// view engine setup
app.set('views', path.join(__dirname, 'templates/views')); // ну, или просто папка views - вопрос вкуса и привычки
app.set('view engine', 'pug');

И его даже реквайрить не надо в "главном" файле, только npm install pug --save сделать.
Удачи.

Express + Handlebars?

Вот эта строчка в "главном" файле указывает, в каком месте искать шаблоны (можно указать другое место, я нопремер привык создавать папку temlates, а уж в ней views, layouts и прочие mixins):

app.set('views', path.join(__dirname, 'templates/views'));

Вы читаете отличный учебник - читайте внимательно, там всё хорошо объясняется.

Как сделать область видимости io?

Андрей Саныч, тоже годно
но вот дурная мода - отсутствие точки с запятой в конце

Как сделать область видимости io?

Андрей Саныч, два пробела, запятая, пробел, имя следующей переменной - получается красивый столбик из переменных, чиста эстетический момент.

Как реализовать работу Express-приложения и socket.io на разных портах?

И эта, вообще-то, актуальная версия socket.io - v2.1.0

Как реализовать работу Express-приложения и socket.io на разных портах?

Не могёт такого быть.
Ну так, нопремер:
var socket = io.connect('http://localhost:3001/');
Со слешем на конце.
Работает во всех вариациях.

Как забрать информацию из Json файла, котоырй хранится локально?

всё правильно

Как сделать доступ к приложению по ip адресу(ам)?

Развернуть приложение на каком-нибудь компьютере в офисе, на виртуальной машине.

Как запускать сервер nodejs?

Ну хорошо.
(у меня, кстате, всю жизнь дома Виндоус - и ничего, не напрягает)

Как запускать сервер nodejs?

OnYourLips, С чем справляется? Мониторит приложение, запускает - если упадёт, пишет логи в файл?

Как сжать HTML с переносом строк?

Ничё не понятно. Что сделать-то надо? Убрать табуляции из строки?
Ну вот так:

console.log('sdf	bcbc'.replace(/\t/g, ''));  // sdfbcbc

Как в NodeJS устанавливать пакеты при отсутствии интернета?

RidgeA, Да их точно так же можно просто перекопировать - только надо знать, в какое место. В Виндоус, допустим, это Users->%user%->AppData->Roaming->npm (тут исполняемый файл)->node_modules(тут пакеты)
В Линуксе не знаю точно (у меня Виндоус всю жизнь дома).

Как в NodeJS устанавливать пакеты при отсутствии интернета?

MrShtein, Что значит "проверить версии"? Если командой в терминале (командной строке), так тогда Галп должен быть глобально установлен, т.е., опять же, нужно в глобальную папку тупо скопировать и пакет, и исполняемый файл. Но тут я не уверен - конкретно с Галпом я так не делал. Однако пакеты перекопировал из места в место - 100500 раз.

Несколько БД в одном NodeJS проекте с Mongoose?

wiyod, потому что следующий connect в коде отменяет предыдущее соединение с базой и создаёт новое. Работать будет последнее.
Есть createConnection - для нескольких соединений или, даже, с несколькими базами, но одна модель всегда связана с одним из соединений.

Не работает import в nodejs?

Владлен Хеллсайт, RidgeA, let - это ловкое сокращение от lexical environment (заимствовано, надо полагать, из Lisp - как и ещё много чего в JavaScript) и обеспечивает недоступность переменной за пределами "блока", в котором она объявлена таким образом. Использование директивы let вместо var повсеместно - это просто понты, демонстрирующие, скорее, отсутствие понимания её смысла. Ну, вот точно такие же понты, как в сабже - когда аффтар зачем-то хочет писать непременно import. Типа "пусть будет как в Java - это круто".
И ещё. Изучение промисов и асинков-эвэйтов никак не освобождает от понимания механизмов работы "функций обратного вызова" (колбеков) - они были и будут в JavaScript всегда. А async - отличная библиотека.

Не работает import в nodejs?

RidgeA, чем не нравится var?

Поддерживает ли уже NodeJS модули ES6 c асинхронной загрузкой нативно, без Babel?

Илья Шатохин, Я буду вводить, а вы - выводить из заблуждения. Все при деле.

Как мне сделать массив полученные значение из mysql?

hollanditkzn, Должен быть лучшее Экспресса (в теории, по крайней мере). Как-нибудь доберусь до него. Просто, я сейчас знакомством с Go занят, и меня, как-то, ломает переключаться.

Как мне сделать массив полученные значение из mysql?

hollanditkzn, Нет, может это специфика Koa такая - просто буду знать.
Но я не про await здесь, а про ctx.state
Судя по вашему коду, вы уже каким-то мидловером, выше по стеку запроса, в этот объект добавляете массив юзеров, оттуда берёте let user = ctx.state.user[0];
Ну да ладно, я всего не вижу.