Находите в полном тексте блок с prettyprint - получаете 3 куска текста: до блока/сам блок/после блока.
Форматируете первый и третий куски, склеиваете обратно.
Если несколько блоков в тексте - разбиваете всё на N кусков...
Ну или второй вариант, попроще - вырезаете все блоки, заменяя их каким-нибудь уникальным placeholder-ом типа , чистите оставшееся, возвращаете блоки обратно, placeholder-ы у вас есть.