Первые три варианта что пришли в голову как скрестить пых и ноде
1) отдельный домен / субдомен для phpmyadmin
2) в секции server
основной локайшен / смотрит на 3000 порт
дополнительно прописывем локейшен для phpmyadmin, который направляем на 8080(81) порт апача
3) подымаем через апач phpmyadmin на не стандатном порту
виртуал хост создаем по ипишнику сервера
https://serverfault.com/questions/246445/how-do-i-...