3vi1_0n3

Это значит, что дефолтный сайт и тот, который использует имя - это могут быть разные сайты.
Сайт с именем настроен, а дефолтный либо не настроен, либо настроен неправильно.
Например, в конфигах nginx есть секция server, в которой указывается server_name и является ли он дефолтным.
Если вы не передаете заголовок "Host: randomname", то не факт, что соединение будет с тем самым сервером.
Как можно проверить, какой сертификат отдается - попробовать openssl:

openssl s_client -showcerts -connect 10.255.0.20:4005

Если вы получите TLS-сертификат сервера, значит на уровне SSL/TLS соединение устанавливается и дело в настройках самого сервера.

> 1.1 На директории загрузки какие выставить права?
chmod -R 660 директория
На остальные директории выставляйте 755 или 750. То есть, рекурсивно можно поставить 755 или 750 на /var/www, а затем отдельно выставить 660 отдельно на директории загрузки

Если вы хотите, чтобы он никуда не мог выйти, то надо использовать chroot. Так-то никто пользователям не запрещает обычно в /etc ходить, иногда это даже полезно бывает.

Вообще надо как-то более подробно смотреть. Но самое первое, что я бы проверил, есть ли корневой сертификат, которым подписан сертификат сервера, в файле из настройки tls_cacert.
> Пытался в ручную импортировать сертификаты в ОС - выдавало ошибку
Непонятно, как вы и в какую ОС импортировали и какие сертификаты. Чтобы в системе стал доступен корневой сертификат, которым подписан сертификат сервера, надо корневой сертификат положить в /etc/pki/tls/certs и сделать хэш-линк таким образом:

sudo ln -s ваш-корневой-сертификат.crt `openssl x509 -noout -hash -in ваш-корневой-сертификат.crt`

И проверить потом серверный сертификат при помощи
openssl verify ваш-сертификат-сервера.crt
P.S.: И настройки фаервола проверьте

Забейте. Просто проинформируйте начальство, что дисковое пространство заканчивается, пусть докупают диски.
Ну, если надо техническое решение - то вот

В общем, всё правильно, как вы указали, так и работает.
Попробуйте что-то вроде --exec "php 1>1.log 2>1.err" скрипт.php. Или как-то так. Иначе вы перенаправляете потоки не php, а start-stop-daemon

Вкратце:
Сначала разрешаешь входящие на 22 порт с определенного адреса и разрешаешь все исходящие

iptables -A INPUT -s <твой IP> -p tcp -m tcp --dport 22 -j ACCEPT

Затем закрываешь все входящие по всем портам
iptables -P INPUT REJECT
После этого соединение отвалиться не должно
После этого разрешаешь входящие по необходимым адресам и портам:

iptables -A INPUT -p tcp -m tcp --dport 3306 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp -s <некоторый IP> --dport 22 -j ACCEPT

И так далее
После разрешения необходимых входящих портов можно закрывать исходящие точно так же.
Можно писать это всё в скрипт, а в кроне выставить очистку таблиц каждые 15 минут на случай, если что-то пойдет не так.

Образ системы штука достаточно большая и качать ее каждый раз при включении машины идея не очень хорошая.
Может проще вам будет puppet/chef/ansible использовать? Он, в общем, для этого и нужны, чтобы конфигурациями управлять.

Используйте IFS:

qqq=`grep -nIHR 'offset' ./file.dat`
IFS='
'
for q in $qqq
do
   echo $q
done

Во-первых, всё, что больше 40 часов в неделю - в топку. Научитесь работать столько, за сколько вам платят. Нефиг нарушать трудовой кодекс. 8 часов в день и всё, если заставляют работать больше - пусть идут лесом, никто заставить не может. Даже можно на часть каких-то левых обязанностей согласиться (но не желательно) в пределах этих 8 рабочих часов. Не перерабатывать - очень важно, если вам за переработки не платят, я думаю, что не платят все-таки. Сразу появится время на что-то еще плюс повысится эффективность в течение рабочего дня. Для начала отоспитесь и начните делать зарядку по утрам. И бросайте пить кофе, особенно растворимый. Если курите, то тоже можно бросить. Начинайте работать четко по часам, насколько это возможно, пусть привыкают. В идеале надо четко соблюдать рабочий график. Через какое-то время полегчает. Потом начинайте что-то делать в плане профессионального развития. Для начала определитесь, чем хотите заниматься. Это тоже займет какое-то время.
Насчет уменьшения зарплат из-за кризиса - вранье полное, вас просто хотят обуть всех оптом. Одного долбаного псевдо-менеджера уволить будет выгоднее, чем технического специалиста.
Дисциплина и самоконтроль - это самое первое дело, займитесь им. Сейчас у вас, судя по рабочему графику бардак в работе. Если есть должностная инструкция (вдруг есть) - прочитайте.
По поводу перевода в центральный офис - если подумать, то наверняка можно решить вопрос без перевода. Коммуникации сейчас хорошо развиты.
Вот как-то так.

/usr/bin/mysqldump -u dbuser -p«userpass» database > db.sql 2>error.log

Если виртуалка с Windows 7, то, возможно, в VirtualBox не работало управление питанием. А в VMWare оно заработало, соответственно. Если так, то надо просто в гостевой системе отключить переход в спящий режим.