d'Ivan

Как альтернативный вариант, добавить уникальный индекс SQL на тот же telegram_user_id и тогда при добавлении новой записи с тем же индентификатором будет возвращена ошибка, которую нужно обработать в коде. Считать количество может быть дорогой операцией в БД.

150ГБ данных - это нормально, даже для одной таблицы. Все зависит от того какие это данные и какого вида запросы будут идти к БД. Мы пока ничего не знаем.
Не нужно торопиться с NoSQL, это преждевременно.
Если нужно получить данные по id или другому ключу, с этим нет никаких проблем. Mysql работает с JSON, главное индексы правильные добавить.
Брать сервер мощный или слабый - зависит от нагрузки, которую надо измерять.

Листинг должен содержаться в СУБД. Тогда за его получением не нужно сканировать ФС.
Получение содержания единичного файла едва зависит от количества файлов в директории.
Популярными способами разбиения директории являются:

• по годам, месяцам или дням
  
• по хэш сумме файла, первые 2 символами которой называются директории. Хэши файлов хранить в СУБД. Заодно и дубликаты уйдут.
  

Почитай про GROUP BY

Рискну предположить, что проблемы связаны с ускорением графики, если плохо работают Blender, Unity.
Нужно проверить так: https://askubuntu.com/a/1046817