неважно .

вангую из-за повторного вызова удаления сообщения, т.е у вас срабатывает это условие

if(message.channel.id === '741584167728316477') message.delete();

и то, что идет ниже

if(message.content.toLowerCase() === '!verify' && message.channel.id === '741584167728316477')
   message.delete().catch(err => console.log(err));

вам надо эти два условия объединить в одно

Не использовать eval, а парсить уравнение самостоятельно или при помощи какой-нибудь готовой библиотеки.
Например вот: https://nerdamer.com/ или https://mathjs.org/
PS: серьезно. Не используйте eval. Никогда

Потому что.

Перемести interval из локальной переменной функции куда-то, где он будет храниться долго.
Например, в глоабльную переменную, а лучше в поле класса.
Тогда ты сможешь проверить, если interval не является undefined, то таймер уже установлен.

Ну как бы, тут не косяк бота, и не косяк языка. Так разработан стандарт JSON. Вы можете применить форматирование к файлу JSON.stringify(data, null, 4) (где 4 - количество пробелов в уровне табуляции). Можете использовать другой формат данных, например - CSV. Можете подключить базу данных, какой-нибудь SQLite. Конечно, Вы можете написать свой велосипед:

const toJSON = data => {
  if (Array.isArray(data)) {
    const prepared = data.map(value => JSON.stringify(value));
    return `[\n${prepared.join(',\n')}\n]`;
  } else {
    const prepared = Object.entries(data).map(([key, value]) => (
      `${JSON.stringify(key)}: ${JSON.stringify(value)}`
    ));
    return `{\n${prepared.join(',\n')}\n}`;
  }
};

Не совсем понятно, что ломается? Приходит строка, ее переводят в массив по пробелам, потом возвращают новый массив без первого элемента. Так какая разница, будет ли в массиве число или буква?
А так - через isNaN(элемент) можно проверить, число это или нет.
Ну и вообще - проще на клиенте ограничить формат ввода, если есть возможность.

.setChannel()

if (message.content === prefix + "setChannel") {
 message.member.voice.setChannel(message.guild.channels.cache.get("ID_канала"))
}

Discord недавно решил изменить API. И теперь для получения статуса пользователей в настройках бота на портале разработчиков необходимо включить опцию Presence Intent.

const role = bot.guilds.cache.get("Guild ID").roles.cache.get("Role ID");

Ошибка говорит о том, что где-то выше undefined.
Тк свойство joinedAt есть только у rUser.member, то стоит посмотреть в эту сторону, почему внутри rUser member = undefined

Хех. Спустя примерно 2 часов после того, как я принялся за работу, я решил проблему. Для начала убедитесь, что у вас установлена версия библиотеки 1.5 .
Если версия не совпала, то в cmd.exe выполните команду:
pip install -U discord.py==1.5
Затем модифицируйте свой код следующим образом:

#до того, как запустили бота
intents = discord.Intents.all()
#запуск бота
client = discord.Client(intents=intents)

Также вам, возможно, нужно будет пройти на https://discord.com/developers/applications/ , выбрать там своё приложение, перейти в вкладку Bot и поставить галочку на пункте PRESENCE INTENT.
Добавлю картинку на всякий случай:

После этих действий всё должно работать.