Нет, рекурсия работать не будет. Гит увидит, что внутри каталога лежит вложенный репозиторий и проигнорирует его. А в своей базе пометит этот подкаталог как поддерево (subtree), чтобы не сломать.
Вы пытаетесь соорудить какой-то жуткий костыль только лишь потому, что поленились изучить инструмент, в котором работаете. Поэтому для вас Git сейчас представляется как некая шайтан-машина, которой вы скармливаете команды, которые не понимаете, и в результате получаете ещё более непонятные «неожиданные результаты». Просто потратьте несколько дней, чтобы изучить азы. Не зубрите непонятные команды, а постарайтесь понять логику гита. А она — эта логика предельно проста и гениальна.
не является сложной задачей что-либо сломать в своем проекте
Сломать что-то в гите довольно сложно. Вам может только показаться что всё сломалось, но это лишь потому, что вы не понимаете, что делаете.
каким-то образом снес половину коммитов
Коммиты в гите — это неизменяемые сущности. Можно лишь создать новые «на замену», но старые не исчезают. Коммиты невозможно удалить без специальных команд очистки мусора.
Вам показалось что коммиты исчезли, но на самом деле они все остались в репозитории, вы просто их не видите в текущей ветке. Но всё легко откатывается назад, используя журнал Reflog.
Поэтому было бы неплохо как-либо сохранять прошлые версии Git репозитория
Reflog это и делает, по сути. Это журнал, который хранит указатели на все состояния проекта, в которых вы когда-либо находились ранее. И эти состояния сами по себе не исчезают, так что вы всегда можете откатиться назад в любое место.
Мой вам совет: Пройдите
16 коротких бесплатных уроков и полу́чите просветление.
