NetBeans здесь притом, что он на Java. А проблемы, как я понимаю, либо в совместимости Java и Gnome 3 (перестал работать рендеринг нормально и т.п.), либо в текущем гноме, раз такая магия с отладкой. В любом случае, давайте не будем придираться к «причем тут», ведь главное — устранить ошибку.
Оставьте так — самое главное это удобство пользователю. Можно изменить элемент в плане дизайна или верстки, но структура должна оставаться именно такой.
