Все зависит от того что будет выполняся на сервере и какие требования к ПО. Если это древние версии то CentOS, если нужна стабильнось то Debian. Если нужны последние версии ПО, то лучше Ubuntu.
Что бы понять о чем речь, попробуйте сравнить какие версии того же php | MySQL, python по умолчанию входят в пакетные менеджеры. Да, всегда можно подключить сторонний репозиторий и подтянуть свежак (привет от CentOS и Debian), но тогда про аргумент "стабильный" и "провереный" дистрибутив можно забыть.
Моя рекомендация Ubuntu. И версии По более менее свежие найти в Интернет помощь по настройке Ubuntu сильно больше (тот же askubuntu.com)
