Пишите скрипт в котором обрабатываете данные со склада, используете метод StoreProductTable https://dev.1c-bitrix.ru/api_d7/bitrix/catalog/sto...
1. Получаете массив IDшников товаров у которых количество 0
2. Деактивируете нужные товары по их ID
3. Скрипт вешаете на крон (планировщик) по расписанию