Тебе так или иначе нужно где-то хранить информацию о внесённых изменениях. Самый простой способ - завести компонент (CoinCollect), который сделать неразрушимым при перезагрузке с помощью
DontDestroyOnLoad и в него заносить список тех монеток, которые ты подобрал. А при генерации монеток при рестарте стоит спавнить только те, которые ты не подобрал, обращаясь к списку из этого компонента(CoinCollect).