Как же не учитывать дело привычки, если как раз это самое главное, чтобы пользователю было привычно работать. По этому, просмотрите самые популярные аналоги и сделайте так же.
Но вообще. последнее сообщение, все же должно быть снизу, так как если под ним будет еще сообщение, то автоматически пользователь начнет читать то, что он уже прочитал.