Никак. Так работает гит. Вы создали ветку на основе мастера и поэтому она содержит исходные файлы и ваши изменения, так как исходный коммит общий с мастером, у веток общая история. Именно это позволит без проблем слиться обратно в мастер.
P. S. Ну, не совсем никак. При остром желании можно создать ветку с двумя файлами, но её потом влить в мастер не получится. При такой попытке будут сперва конфликты, а при попытке продолжить слияние, в мастере останутся ваши 2 файла.