Потому что у этих двух поисковиков совершенно разные алгоритмы работ (индексирования, ранжирования). Одни страницы у Гугл могут быть качественные, а у Яндекс наоборот.
Некритично, если разница всего в несколько страниц, проблема - если количество значительно различается. Тогда советую проверить сайт на наличие ошибок, дубли страниц, ненужные редиректы и тд.