Мы решили похожую проблему (только у нас еще + ко всему появлялась дополнительная фантомная русская раскладка) решили следующим образом:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"IgnoreRemoteKeyboardLayout"=dword:00000001
Вот это через групповые политики или вручную прописывается на каждом хосте сеансов RDP. Объяснять, что делает этот ключ, думаю, не нужно.