Используйте css
#map {
width: 640px; height: 600px;
}
@media (max-width: 320px) {
#map {
width: 260px; height: 300px;
}
}
Еще при загрузке можно определить при помощи javascript размер окна и поставить нужные параметры в скрипт яндекс карт.
пример с jquery
var viewport = {
width : $(window).width(),
height : $(window).height()
};
var width = viewport.width;
var height = viewport.height;
if (width > 1000) {
var zoomval = 13;
} else {
var zoomval = 12;
}
function init() {
myMap = new ymaps.Map("map", {
center: [55.555555, 33.333333],
zoom: zoomval,
});
}