Ваша команда: cd /var/prog/runner.py
осуществляет переход в удаво-скрипт и после этого вы ещё раз указываете его на выполнение!
Вы почитайте, что делает команда cd.
А делает она переходы в каталоги и папки, но никак не в файлы!
Поэтому надо правильно писать.
Просто проверьте, и напишите, как я вам написал и сами увидите, что всё прекрасно отрабатывает и это именно правильное написание команды.