Но как такое возможно?
Например, "уязвимости нулевого дня".
Правильно понимаю, что шифрование системных папок-это выход (и папок вообще)?
Нет, это не поможет ни от этого, ни от заражения, ни от шифровальщиков.
Шифрование папок нужно для того, чтобы к вашему диску никто не получил доступ без ключа(тут не берем во внимание паяльник в одном месте). Но так как вы даете доступ к диску операционной системе, то она (и в том числе программы - могут делать все что угодно).