Ну у вас получилась пустая переменная $dest, значит выполнилось
find /* -type f -mtime +30 -delete
т.е. вы просто удалили кучу разных файлов. Кроме тех, что менялись за последний месяц. Если от root'а выполняли, то убили систему и данные.
Заново установить систему, восстановить из бэкапа сайты.
Если бэкапов нет, то сразу загрузиться с флешки, попытаться восстановить удалённые файлы сайтов с помощью утилиты photorec.