Такой тип инструментов называется CPD - copy-paste detector. Иногда входят в состав различных инструментов для статистического анализа кода. Правда там это делается в контексте копирования и вставки внутри проекта, те чтобы найти узкие места с сделать рефакторинг дубликатов.
Пример
такого инструмента или
вот ещё.
Если использовать
поисковой движок самого гитхаба, то здесь будет сложнее он игнорирует многие символы и т.п., хотя позволяет, например указать язык, по которому искать, или имя файла и тп.
Может быть легче будет использовать гугул и указать чтобы он использовал результаты с гитхаба (site:github.com)
