Если колхозить - то берешь рейзер и подключаешь карту как угодно внутри корпуса, хоть на растяжках (просунув внутрь заранее кабель), помню делал так
Если не хочешь колхозить, то бери любую материнку с двумя pci-e16, только смотри чтобы между ними было два pci-e4 слота а не один, тогда будет запас места.
Так же есть видеокарты (
точнее возможность заменить систему охлаждения на водянку) у которых она занимает один слот а не два, но найти такую в продаже очень сложно, с очень высокой ценой на столько, что лучше заказать кому-нибудь кастом, благо для этого нужен доступ к станку (желательно чпу по алюминию или меди) и прямые руки.