У меня тоже есть работа с DOCX файлами. Правда на Ruby, генерирую договора и акты.
Распакуйте файл docx при помощи unzip. Среди распакованных файлов есть word/document.xml. Там-то весь контент и спрятан. Манипулируйте им как хотите, запаковывайте снова в docx и вуаля: у вас обновлённый согласно вашему коду документ. Возможно для PHP уже есть либы, которые это максимально автоматизируют. У меня правда задача другая — сгенерить PDF из полученного DOCX, но это уже другая тема.