Сайт попал в реестр. Писать им письма как мне кажется смысла нет. Или есть? Ничего особенно криминального не было на сайте. Можно заменить содержание конечно и написать про их ошибку и тд. есть в этом смысл? Думаю не много
Посоветовали склеить с другим сайтом. Как лучше и правильней это сделать?
Есть. Это бюрократическая организация и в любом случае она должна отреагировать. В ответе хотя бы будет указана причина. Исправите и вас выведут из этого списка