При отправке с почты яндекса сразу меняется статус дела в сrm на прочитано.
Битрикс вставляет в отправляемое письмо специальное пиксель-изображение, при загрузке которого письмо отмечается прочитанным. Некоторые системы (например упомянутый яндекс) делают предзагрузку всех изображений, соответственно оно сразу отмечается прочитанным.