Вероятно, запросы .xml просто не доходят до Apache т.к. перед ним стоит Nginx который самостоятельно раздает статические файлы и не проксирует такие запросы на Apache.
Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Согласно приведенному тексту Apache все запросы к несуществующему файлу в директории с этим .htaccess перенаправляет на index.php.
Создайте файл why-are-we-sitemap.xml в корневой директории сайта - и Redirect 301 начнет срабатывать.