Если пункт недоступен, значит он уже добавлен в версии. В субклипсе с этим хитрые заморочки, сам попадаю периодически. Наверное, в вашем случае придётся его удалить (сохранив где-то в другом месте), закоммитить, потом положить обратно и пока на нём «вопросик» (недобавленный файл) — уже сделать svn:ignore. Так должно сработать.