Тебе нужно использовать именно Panda? Тут хватит стандартных модулей. Ну и используй словарь.
import csv
#тут храним таблицу соответствий
table = {}
#удостоверься, что кодировка файла корректная
with open(r'C:/Users/varva/Desktop/translit.csv', newline='', encoding='utf-8') as csvfile:
reader = csv.DictReader(csvfile, delimiter=',')
for row in reader:
#убираем пробелы из значений. Можно убрать .strip(), если они значимы
table[row['Кириллица'].strip()] = row['Латиница'].strip()
word = input()
#по умолчанию неизвестные символы оставляем как есть. см. метод dict.get()
result = ''.join( table.get(ch, ch) for ch in word )
print(result)
Работает для такого входного файла:
Кириллица,Латиница
Ф,F
Д,D
В,V
Ы,Y
А,A