как и любая другая директория, .git хранит то что вы туда когда-либо положили. Не напрямую, конечно, а посредством утилиты git.
если удалить эту папку, вы потеряете: 1) локальную историю коммитов, бранчей, сташи и тд - всё что связано с разработкой и гитом, если коротко. 2) потеряете origin, если он не указан в гите глобально или в конфигах в ide. Т.е. будет непонятно какой удалённый репозиторий у этого проекта.
Проект будет работать, но переключиться на другую ветку будет нельзя (тоже думаю очевидно), да и не будет никаких других веток.