Смотреть, присутствует ли хронологический паттерн или корелляция с чем-то другим в моменты проявления ошибок - высокая нагрузка, фоновые процессы, бэкапы, увеличение посещаемости и т. д. Происходит это с одними и теми же урлами или разными, трогает ли кто-то эти файлы... Короче, нужна диагностика.