не сдохнет ли система она?
Нет это элементарная задача.
Какой и существует ли ограничения (технические) у системы на количество операций по парсингу и обработке файлов с ftp сервера?
Ну на таких объемах я никаких ограничений не вижу.
Вообще есть некоторые нюансы - работу с сетью лучше организовывать на клиент-серверном варианте, а не на файловом.
Ну и от конкретной реализации зависит - можно в коде такого наворотить, что система от одного запроса повиснет. Но это не только 1с касается.